多群體全基因組關聯(lián)性分析鑒別母豬繁殖性狀的遺傳位點.pdf

1、母豬繁殖性能是影響生豬產業(yè)生產效率的重要經濟性狀，本研究旨在通過全基因組關聯(lián)性分析鑒別影響母豬總產仔數(shù)(total number of born piglets，TNB)、產活仔數(shù)(number of born alive piglets，NBA)、乳頭數(shù)(teat number)和黃體數(shù)(number ofcorpus luteum，TCL)的關聯(lián)性遺傳位點。
　　實驗群體包括擁有242頭總產仔數(shù)和產活仔數(shù)表型數(shù)據、291頭在2

2、40日齡屠宰有黃體數(shù)表型及1743頭有乳頭數(shù)記錄的白色杜洛克×二花臉F2資源家系群體，僅有乳頭數(shù)記錄的320頭二花臉豬和340頭蘇太群體。基因型數(shù)據由Illumina porcine60K SNP芯片直接判定的基因型和基于微衛(wèi)星的基因型推斷60K SNP基因型結果整合而來。通過Plink軟件對SNP基因型進行質控，QQ-plot檢測群體層化效應，利用R語言GenABEL軟件包中的混合線性模型進行全基因組關聯(lián)性分析，采用Bonferron

3、i方法確定顯著關聯(lián)性閾值，分別定位影響白色杜洛克×二花臉F2資源家系、二花臉及蘇太豬群體中影響母豬繁殖性能的染色體位點，再運用生物信息學和比較基因組學的分析手段從Ensembl和NCBI網站上搜尋顯著關聯(lián)性區(qū)域中可能的候選基因。相關性分析結果顯示總產仔數(shù)和產活仔數(shù)之間存在強正向相關性。QQ-plot結果顯示分析中不存在明顯的整體系統(tǒng)偏差和明顯的群體層化效應。全基因組關聯(lián)性分析共鑒別到33個與母豬繁殖性能顯著相關的位點，其中有3個位于7號

4、染色體上的SNP與總產仔數(shù)、5個位于7號染色體上的SNP與產活仔數(shù)、1個位于8號染色體上的SNP與黃體數(shù)以及24個位于1號、7號和12號染色體上的SNP與乳頭數(shù)分別顯著相關，且總產仔數(shù)和產活仔數(shù)兩個性狀的關聯(lián)性區(qū)域高度重疊。薈萃分析中并沒有發(fā)現(xiàn)新的關聯(lián)性信號或者信號水平加強的位點。經過位置功能篩選，MEP1A和SPINK2基因確定為分別影響產仔數(shù)和黃體數(shù)的位置功能候選基因，VRTN和KDM6B基因為影響乳頭數(shù)的重要位置功能候選基因。研究