DNA序列中串聯重復體查找算法研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、在DNA序列分析中，串聯重復體查找是一個重要的基礎性問題。人類DNA序列50％以上是由串聯重復體組成的。串聯重復體在基因表達、調控和遺傳等方面起著十分重要的作用，同時它是產生多種疾病的病因。另外以串聯重復體為基礎的“DNA指紋技術”在法醫(yī)學等領域廣泛應用。因此關于串聯重復的研究具有十分重要的意義。
　　 本文主要研究了串聯重復體查找算法。⑴針對精確串聯重復體提出了一種基于LZ分解查找串聯重復體的算法。對于存儲在后綴樹上的字符串S

2、，該算法能在線性的時間找到所有出現在S中的串聯重復體。為了進一步提高算法的效率，我們對后綴樹進行了改進，給中間節(jié)點加入了葉子信息數組，這樣就避免了算法對子樹的遍歷。⑵引入了一種新類型的近似串聯重復體-進化串聯重復體，由于以前提出的算法都不能解決進化串聯重復體的查找問題，因此提出了基于海明距離的查找算法。對于給定的重復單元的長度Z，該算法的時間復雜度為O(ln2)，解決了進化串聯重復體的查找問題。為了說明算法的正確性和有效性，本文將這兩種

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