酵母基因上游轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點分布的統(tǒng)計分析.pdf_第1頁
已閱讀1頁,還剩59頁未讀 繼續(xù)免費閱讀

下載本文檔

版權(quán)說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請進行舉報或認領(lǐng)

文檔簡介

1、基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控一直是生物學研究的重要內(nèi)容,實質(zhì)是轉(zhuǎn)錄因子與其在基因組序列中對應的短的DNA序列(5-25bp)結(jié)合,調(diào)控靶基因的表達。前人實驗結(jié)果顯示轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點多分布在基因轉(zhuǎn)錄起始位點上游區(qū)域。因此,本研究利用生物信息學的手段,從啤酒酵母基因組中轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)構(gòu)、靶基因的功能、結(jié)合序列的保守性出發(fā),研究轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點在基因上游的分布特征。 本研究首先將啤酒酵母基因組中基因上游0-2000 bp分為長為100 bp的區(qū)間,統(tǒng)

2、計基礎域結(jié)構(gòu)和B支架結(jié)構(gòu)兩種超類轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點在不同區(qū)間的頻數(shù),并按照轉(zhuǎn)錄因子結(jié)構(gòu)對轉(zhuǎn)錄因子進行聚類,分析結(jié)構(gòu)差異不同的轉(zhuǎn)錄因子間結(jié)合位點分布的差異;再按轉(zhuǎn)錄因子所調(diào)節(jié)基因的不同功能,從生物過程、分子功能、細胞構(gòu)建、主要功能四個層次對基因進行聚類,并分析了結(jié)合位點在不同組間的分布差異;最后本研究又綜合了位置權(quán)重打分矩陣和位點保守性參量,分析了轉(zhuǎn)錄因子在不同區(qū)域這些參量的變化。 研究結(jié)果表明,轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點集中分布在轉(zhuǎn)錄起始位

3、點上游100-500 bp(61%);結(jié)構(gòu)相似的轉(zhuǎn)錄因子(家族內(nèi))間結(jié)合位點的分布無顯著性差異,結(jié)構(gòu)差異較大的轉(zhuǎn)錄因子(家族以上層次)的結(jié)合位點分布差異顯著(P<0.01);大多數(shù)轉(zhuǎn)錄因子(19/22)在不同功能基因間結(jié)合位點分布差異不顯著(P>0.05),僅在分子功能層次有部分轉(zhuǎn)錄因子在所調(diào)控基因上游的結(jié)合位點分布有顯著差異。這說明轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點分布受轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)構(gòu)影響較大,與所調(diào)控基因的功能相關(guān)性較小,而與基因參與的生物過程和所在

4、的細胞位置幾乎無關(guān)。 基于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點序列通常比較短且保守的性質(zhì),本研究將堿基保守性參數(shù)引入矩陣模型描述轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的特性。分析調(diào)控基因數(shù)目最多的四個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)果顯示:(1)轉(zhuǎn)錄因子所結(jié)合的各個位點間保守性差異很大,這種差異在轉(zhuǎn)錄起始位點上游不同區(qū)域有不規(guī)則的變化,但某些保守性極強的位點的保守性的變化極小,受結(jié)合位置影響較弱;(2)一致性序列保守性在不同區(qū)域變化很復雜,在某些區(qū)域雖具有很高的得分,但仍沒有明顯的規(guī)律;(3

5、)四個轉(zhuǎn)錄因子間一致性序列保守性分布有顯著性差異。因此,轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點保守性與所結(jié)合的區(qū)域相關(guān)性較小,而主要由其轉(zhuǎn)錄因子本身的性質(zhì),主要是由DNA結(jié)合域結(jié)構(gòu)決定。 以往的研究只表明同一家族轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點在序列上有保守性,但本研究的結(jié)果揭示了同一家族的轉(zhuǎn)錄因子其結(jié)合位點,在所調(diào)控的基因轉(zhuǎn)錄起始位點上游具有特異的分布。并且發(fā)現(xiàn)某些轉(zhuǎn)錄因子一致性序列保守性在各個區(qū)間都極高,其結(jié)構(gòu)對結(jié)合位點序列的保守性要求嚴格。這有助于確定調(diào)控信息

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁內(nèi)容里面會有圖紙預覽,若沒有圖紙預覽就沒有圖紙。
  • 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 眾賞文庫僅提供信息存儲空間,僅對用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護處理,對用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對任何下載內(nèi)容負責。
  • 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當內(nèi)容,請與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準確性、安全性和完整性, 同時也不承擔用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

評論

0/150

提交評論